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空ディレクトリを維持したいときは、.gitkeepを置けばよいらしい。ここのサイトの情報を参考にして以下のコマンドを実行して一発で対応できた。

$ find . -type d -empty -not -path './.git*' -exec touch {}\/.gitkeep \;

git configとかで全般的な改行コードを指定できるけど、プロジェクトで特定のファイルとかの改行コードを指定したい場合がある。たとえば、batファイルとかはCRLFにしておきたいし、shはLFにしておきたい。という場合には、.gitattributesを置けば良い。たとえば、

*.sh        eol=lf
*.bat       eol=crlf
*.cmd       eol=crlf

という感じ。

個人的にはパッチを結構使っているような気がするのだけど、gitの場合は

$ git diff --no-prefix HEAD~ > hoge.patch

という感じで作れば良いみたい。で適用はいつもどおりに適用したいところで

$ patch -p0 < hoge.patch
という感じ。