ReindexingプラグインはElasticsearchでドキュメントを追加したときにJSONデータを保存しているsourceフィールドを利用して、スクロールスキャンで既存のデータをマルっと別のインデックスへ再登録することができるプラグインです。
これにより、インデックスをコピーすることができます。たとえば、
$ curl -XPOST localhost:9200/sample/_reindex/newsample/
とすることで、sampleインデックスをnewsampleインデックスへコピーが簡単にできます。
さらに、urlパラメータを利用することで、別のElasticsearchクラスタへもデータを送ることができます。
$ curl -XPOST localhost:9200/sample/_reindex/newsample/?url=http%3A%2F%2Flocalhost%3A9200%2F
という感じで、登録先を指定することもできます。
あとは、コピー先のインデックスを用意しておかなければ、作成時にインデックスが作られることになりますが、既存と異なるインデックスセッティングやマッピングでインデックスを作成しておいてから再インデキシングを実行すると、既存と異なる設定のインデックスに置き換えることもできます。これをすることで、Analayzerの比較検証とかもやりやすくなるかと思います。