PDDocumentからPDDocumentInformationを取得して、更新すれば良い。
try (PDDocument document = PDDocument.load(new File("input.pdf"))) {
PDDocumentInformation info = document.getDocumentInformation();
info.setCreator("新しい製作者");
info.setAuthor("新しい著者");
info.setCreationDate(Calendar.getInstance());
info.setKeywords("新しいキーワード");
info.setModificationDate(Calendar.getInstance());
info.setSubject("新しい件名");
info.setTitle("新しいタイトル");
document.save(new File("output.pdf"));
} catch (IOException e) {
logger.error("Failed to write info.", e);
}