Q&A は、
http://voice.jreast.co.jp/faq_qlist.asp?ctg=18
にあった。テレビのニュースを見ていたら、一部、発券機で買うより損する場合があるといっていたので、調べてみたら、JR-私鉄-JR のという感じで乗り継いだときに、中間の私鉄が無視され、JR だけを利用したと見なされて、損するケースがあるそうな。
http://www.mainichi-msn.co.jp/shakai/wadai/news/20070314k0000e040021000c.html
追記：いろいろ書いてあった。