ラベルを管理するテーブルにはソート順を持ってはいるものの管理画面から変更できるようにしていませんでした(特にできないようにしていた理由はないですが)。4.0 では対応するとして、3.x 系ではどうすればよいかということに関しては以下のような感じでJSPを修正していただいて、管理画面から Sort Order を数字で設定してもらえれば、昇順に表示されます。
$ cd [fess-server]/webapps/fess/WEB-INF/view/admin/labelType
$ diff -u edit.jsp.orig edit.jsp
--- edit.jsp.orig 2010-07-14 09:39:38.000000000 +0900
+++ edit.jsp 2010-07-14 09:40:34.000000000 +0900
@@ -23,7 +23,6 @@
</c:if>
<html:hidden property="createdBy"/>
<html:hidden property="createdTime"/>
-<html:hidden property="sortOrder"/>
<table style="width:500px;">
<caption><bean:message key="labels.labeltype_title_details"/></caption>
<tbody>
@@ -36,6 +35,10 @@
<th><bean:message key="labels.labeltype_value"/></th>
<td><html:text property="value" style="width:98%;"/></td>
</tr>
+<tr>
+<th>Sort Order</th>
+<td><html:text property="sortOrder" style="width:98%;"/></td>
+</tr>
$ diff -u confirm.jsp.orig confirm.jsp
--- confirm.jsp.orig 2010-07-14 09:39:45.000000000 +0900
+++ confirm.jsp 2010-07-14 09:41:03.000000000 +0900
@@ -23,7 +23,6 @@
</c:if>
<html:hidden property="createdBy"/>
<html:hidden property="createdTime"/>
-<html:hidden property="sortOrder"/>
<table style="width:500px;">
<caption><bean:message key="labels.labeltype_title_confirm"/></caption>
<tbody>
@@ -36,6 +35,10 @@
<th><bean:message key="labels.labeltype_value"/></th>
<td>${f:h(value)}<html:hidden property="value"/></td>
</tr>
+<tr>
+<th>Sort Order</th>
+<td>${f:h(sortOrder)}<html:hidden property="sortOrder"/></td>
+</tr>
</tbody>